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《校量数珠功德经》记载：“若用菩提子为数珠者，或用掏念，或但手持数诵一遍，其福无量。” 正因为菩提子意义深远，很多的佛珠都是以菩提命名。佛门修行人，一般必备至少一串菩提材质的佛珠或念珠或手珠。
凤眼菩提佛珠是藏传佛教极为推崇的佛珠品类之一，在藏传佛教中，菩提子佛珠即指凤眼菩提佛珠。
近代对于汉地影响最大一位藏密祖师诺那活佛曾开示说：“最好有一串凤眼菩提子念珠，修一切法均可通用，功德最大”。格鲁派祈竹仁波切也开示说：“佛陀是在菩提树下成道的，菩提珠本身的坚硬特质又有吉祥的表义，所以菩提珠适合作任何法门的修持”。金安一居士所著《密宗辑要》一文也说：“修一切法均可用凤眼菩提子珠。”
汉传佛教中，也不乏青睐凤眼菩提者。如净土宗大德黄念祖居士，他持用凤眼菩提，而且这串凤眼念珠在往生后化为念珠舍利（详见后面的资料）；台湾散文家林清玄居士也偏爱凤眼菩提，他著有一篇散文《凤眼菩提》，即以其珍爱的一串凤眼菩提为线索展开，颇为引人入胜。用凤眼菩提子修持功德最大，其原因为何？对此，智敏·慧华上师开示说：若了义地解（诺那）祖师之开示，乃指安住菩提心体，若持咒、甚或不持咒，皆具最大功德
当代净土宗大德黄念祖居士也持用凤眼菩提佛珠，在往生后，此凤眼菩提佛珠化为念珠舍利，详见以下记载：
《集科学家与佛学家于一身的人——黄念祖老居士》一文记载：“一九九二年四月七日荼毗，遗骨洁白，获五色（红、黄、白、绿、黑）舍利子数百粒，坚固不坏念珠十颗，并于往生七日，从所供油灯灯芯中崩出念珠舍利两颗。”
索达吉堪布著作《密宗虹身成就略记》记载：黄念祖老居士于1992年 3月27日凌晨示疾一笑往生，去世后十二天火化，抬遗体时遗体柔软，并感到明显变轻，手指都能活动，时而发出奇香。火化后，老人随身带去的凤眼菩提念珠经历大火而不坏，遗骨洁白如玉，并从骨灰中先后拾得五色舍利三百余粒。
二手持珠当心上，静虑离念心专注，
本尊瑜伽心一境，皆得成就理事法。
设安顶髻或挂身，或安颈上及安臂，
所说言论成念诵，以此念诵净三业。
由安顶髻净无间，由带颈上净四重，
手持臂上除众罪，能令行人速清净。
若修真言陀罗尼，念诸如来菩萨名，
当获无量胜功德，所求胜愿皆成就。
密教中由于三部(胎藏界)、五部(金刚界)修法之不同，对于佛珠也有着特殊的要求，与平时常用的佛珠相比，是有所不同的。据《苏悉地羯罗经》说： “佛部用菩提子珠，观音部用莲花子珠，金刚部用噜椰罗叉子珠。”又据《守护经》及《瑜伽念珠经》说：“佛部用菩提子珠，金刚部用金刚子珠，宝部用金等诸宝珠，莲花部用莲花子珠，羯磨部用种种和合珠。”又近人金安一居士所著《密宗辑要》一文说：“修增法用琥珀珠，修息法用水晶珠，修坏法及长寿法用珊瑚珠，修诛法用人头骨珠，修观音法用菩提子珠，修一切法均可用凤眼菩提子珠.
